Ariscando sua vida para assegurar a sobrevivência da humanidade, Tanikaze Nagate luta em sua armadura prateada, O Tsugumori! Milhares de anos se passaram desde que os Gauna destruíram o sistema solar. A enorme nave mãe, Sidonia, viaja pelo espaço produzindo e propagando humanos.Trazido do mais inferior dos níveis de Sidonia, um jovem homem, Takinaze Nagate, torna-se um Recruta Guardian e é autorizado a pilotar o desatualizado, mas histórico e renomado Tsugumori. A batalha com a da humanidade e de Nagate em jogo começa agora!