प्राचीन काल में, राजा तक्षकराज और रानी ललिता द्वारा शासित तक्षकनगर के नाम से जाना जाने वाला एक राज्य मौजूद था, जिनकी कोई संतान नहीं थी। एक राजकुमार या राजकुमारी की अनुपस्थिति ने राजा तक्षराज के छोटे भाई नागपाशा को सिंहासन का एकमात्र संभावित उत्तराधिकारी बना दिया।

एक दिन जब रानी देव कालजयी से प्रार्थना करने जा रही थी, नागपाशा ने भगवान को चढ़ाए गए अपने चढ़ावे की परदा प्लेट को एक मरे हुए नेवले से बदल दिया। नाग देवता क्रोधित हो गए और अपनी जहरीली सांस से उसे बेहोश कर दिया। जब बच्चे का जन्म हुआ, तो सभी ने उसे मृत मान लिया क्योंकि उसका पूरा शरीर नीला था और उसमें जीवन के कोई लक्षण नहीं थे।

हिंदू रीति-रिवाजों के अनुसार, नवजात शिशु को नदी में फेंक दिया गया था। इस बीच, नाग देवता देव कालजयी नागद्वीप नामक हिंद महासागर में एक अदृश्य द्वीप पर गुप्त रूप से रहने वाले राजा मणिराज और उनकी पत्नी रानी मनिका के सपनों में प्रकट हुए, जो चिरस्थायी इच्छाधारी नागों के शासक थे। उसने उन्हें बच्चे का स्थान बताया और उसे ठीक करने के लिए कहा। कई साल बीत गए और उपचार ने परिणाम दिखाना शुरू कर दिया और, हालांकि अभी भी निलंबित एनीमेशन में, बच्चे का रंग धीरे-धीरे हरा हो गया था।

बाद में एक दुष्ट तांत्रिक विशनधर ने उसे वापस उसी झाड़ियों में डाल दिया जहां वह नदी में मिला था। पास के मंदिर के एक पुजारी ने उसे ढूंढ निकाला और उसे प्रोफेसर नागमणि को दे दिया, जो पास के जंगल में सांपों की तलाश में घूम रहा था। बच्चे में असाधारण उपचार शक्ति थी और वह अत्यंत विषैला था। उसने बच्चे की परवरिश की, जो नागराज बन गया।

अपने पहले अंक में, दुष्ट वैज्ञानिक प्रोफेसर नागमणि द्वारा नागराज को एक अंतरराष्ट्रीय आतंकवादी हथियार के रूप में उजागर किया गया था। नागराज, इस पहले मिशन में, एक मंदिर से एक देवी की स्वर्ण प्रतिमा चोरी करने का काम सौंपा गया था, जिसे आदिवासी भक्तों, सांपों और बाबा गोरखनाथ नामक एक रहस्यमय 300 वर्षीय साधु द्वारा संरक्षित किया गया था। नागराज अपने कार्य में सफल हो गया, लेकिन गोरखनाथ और उसके रहस्यवादी काले नेवले शिकांगी के साथ टकराव पर हार गया। गोरखनाथ ने उनके दिमाग को पढ़ा और पाया कि प्रोफेसर नागमणि ने नागराज को अपने नियंत्रण में रखने के लिए एक कैप्सूल के रूप में दिमाग को नियंत्रित करने वाला यंत्र लगाया था। गोरखनाथ ने ऑपरेशन किया और नागराज के सिर से कैप्सूल को हटा दिया, जिससे नागराज प्रोफेसर नागमणि के नियंत्रण से मुक्त हो गया। नागराज तब बाबा गोरखनाथ के शिष्य बन गए और उन्होंने पृथ्वी से अपराध और आतंक को खत्म करने की कसम खाई। तब से, नागराज ने दुनिया का दौरा किया और बुलडॉग, गैंगस्टर विलियम, सीमैन, जनरल टम्टा, शंकर शहंशाह जैसे कई खलनायक और आतंकवादियों को हराया।