Dengan semua Kartu Clow ditangkap kembali dan diubah menjadi Kartu Sakura miliknya sendiri, Sakura Kinomoto sekarang memasuki tahun pertamanya di Sekolah Menengah Tomoeda. Setelah hari pertamanya di kelas, Sakura bertemu kembali dengan cintanya Shaoran Li, yang memberi tahu dia bahwa dia secara permanen pindah kembali ke Tomoeda. Sangat mengejutkannya, bahkan ternyata Shaoran akan bersekolah di sekolah yang sama dan sepertinya kehidupan Sakura sedang menuju ke arah yang benar.

Namun, ketika Sakura pergi tidur, dia bertemu dalam mimpinya sosok misterius berjubah dan menemukan dirinya dikelilingi oleh kartu transparan. Bangun dalam ketakutan, Sakura terkejut melihat mimpinya menjadi kenyataan, dengan Kartu Sakura menjadi jelas. Pertemuan seperti mimpi yang berkelanjutan dengan musuh yang tidak dikenal dan dia mendapatkan kunci ajaib baru mengatur panggung untuk petualangan terbaru Cardcaptor Sakura!