No mundo de Golem Hearts, criaturas conhecidas como golems foram integradas à sociedade, desempenhando os mais diversos tipos de tarefas. Esses golems são criados pelos renomados “eruditos da feitiçaria”, e obedecem cegamente às ordens de seus mestres humanos. Noah é um desses eruditos, determinado a se tornar o segundo melhor de sua geração. Com esse objetivo em mente, ele viaja por diferentes lugares para estudar golems únicos espalhados pelo mundo. Sua jornada o leva até uma certa ilha, onde conhece Mary e seu golem Murray. À medida que os dois se aproximam, começamos a perceber que há muito mais em Noah do que aparenta à primeira vista.