Um dia, o discreto Shikito Takai — apaixonado por ciência — sente um aroma incrivelmente atraente vindo de seu colega de classe, Kaito Nishio, por quem sempre nutriu admiração. Então, quando Nishio fica corado e debilitado durante a aula de educação física, Shikito tenta levá-lo à enfermaria… mas, de alguma forma, os dois acabam na sala de equipamentos desativada.

Essa é a história do primeiro Alfa e Ômega da raça humana — o início do omegaverso.