Thunder 3 acompanha três estudantes conhecidos como "três pivetes" que acabam envolvidos em um evento estranho quando um disco misterioso abre passagem para um mundo paralelo, para onde a irmã de um deles é levada. Ao atravessarem para resgatá-la, eles descobrem uma realidade devastada por uma invasão alienígena e percebem que seus corpos ali possuem força e resistência sobre-humanas. A história mistura ação e ficção científica enquanto o trio luta para sobreviver, ajudar a resistência humana e encontrar um caminho de volta para casa.