Há apenas um Magi Craft Meister no mundo. Após a morte do último Meister a mais de mil anos atrás, Jin Nidoh foi transportado para um outro mundo, a fim de ter sucesso na sua vontade. Depois de obter o conhecimento dos Magi Craft Meister, Jin tenta usar uma porta de teletransporte mas ela funciona mal, transportando-o para um mundo desconhecido. Junto com isso, uma automata que recentemente tinha sido restaurada também usa a porta de teletransporte, a fim de procurar por seu “pai”. Assim, a viagem de fabricação do novo Magi Craft Meister começa!