Kannagi opowiada o pechowym chłopcu imieniem Jin, który postanawia wyrzeźbić ze świętego drzewa posąg do szkolnego projektu. Jednak kiedy zabiera posąg na zewnątrz zaczyna on absorbować ziemię i transformuje w dziewczynę! Jest ona bóstwem strzegącym świątyni i jest bardzo wkurzona, że ktoś ściął jej drzewo. Bóstwo zamieszkuje z Jinem i wyładowuje swoją złość rozgniatając robaki... to znaczy oczyszczając 'nieczystych'.